本薬師寺は、奈良県橿原市の東南に位置し、かつて藤原京の薬師寺として知られた歴史的な寺院です。天武天皇が皇后（後の持統天皇）の病気平癒を祈り、680年に建立を誓願したとされ、奈良の西ノ京に移された現在の薬師寺と区別するために「本薬師寺」と称されるようになりました。この寺院は、藤原京の中心部に位置し、その威容を誇っていたことから、古代日本における仏教文化の重要な拠点として位置づけられます。
『日本書紀』によれば、天武天皇9年（680年）11月に、病に倒れた皇后（鵜野讚良皇女）の回復を願って薬師寺の建立が誓願されました。この時、百人の僧が得度（出家）し、皇后の病は平癒されたと記録されています。その後、天武天皇11年（682年）頃に着工され、持統天皇2年（688年）頃には金堂が完成し、薬師寺としての姿が整い始めました。文武天皇2年（698年）には、ほぼ全ての伽藍が完成したとされています。
710年、平城京への遷都に伴い、薬師寺は奈良市の西ノ京へ移転しました。当初は本薬師寺の伽藍がそのまま移築されたと考えられていましたが、近年の発掘調査により、移築ではなく新たに建設された可能性が高いことが示されています。これは瓦の違いや建築様式の差異からも確認されており、本薬師寺自体は11世紀初頭まで存続していたと考えられています。
現在の本薬師寺跡には、金堂の礎石の一部が残り、周囲の水田から1メートルほど高くなった土壇に位置しています。金堂は桁行7間、梁間4間の両廂（りょうびさし）の構造で、東西29.5メートル、南北18.2メートルの基壇を持つ壮大な建築でした。基壇には前面3か所、背面1か所の階段があり、これは西ノ京の薬師寺と同様の形式です。
本薬師寺の東塔と西塔は、それぞれ基壇の大きさが異なり、東塔は一辺14.2メートル、高さ1.45メートルで、中心には舎利孔が残っています。一方、西塔は一辺約13.5メートル、高さ1.6メートルで、中心に独特な出枘式（でほぞしき）の心礎が存在しています。これらの塔は、当時の工法や仏教信仰の象徴として重要な役割を果たしていました。
中門は桁行3間、梁間2間で、回廊は単廊構造となっていました。これは西ノ京の薬師寺が複廊に改造されたのに対し、本薬師寺はその原型を残している点で大きな違いがあります。これにより、本薬師寺の伽藍配置が当時の建築技術や信仰の特徴を示す貴重な遺構であることがわかります。
本薬師寺は1921年（大正10年）に史跡に指定され、1952年（昭和27年）には特別史跡に指定されました。その後、1976年から1996年にかけて複数回の発掘調査が行われ、その歴史的重要性が改めて確認されています。
本薬師寺跡周辺はホテイアオイの名所としても知られ、1996年から地元の有志団体「城殿町霜月会」によって休耕田にホテイアオイが植えられています。毎年8月下旬から9月下旬が見頃で、美しい紫色の花が一面に咲き誇り、多くの観光客が訪れます。
近鉄畝傍御陵前駅から徒歩約5～9分、橿原神宮前駅からは徒歩約20分でアクセス可能です。公共交通機関を利用する場合は、奈良交通バスや橿原市コミュニティバスも利用できます。